-> different link to be added: purpose will be to interlink them One link, allowing to search and connect to the different instances. To be extended to other Data managemnt Sofwtare (for example Cochin use Sysncom solution) i.e being able to request their data base from the same interface.
OMERO From Guillaume Gay (Marseille) https://github.com/centuri-engineering/omero-at-centuri/tree/master/docker
From Univ-Nice/EMBRC image:
contact Faisal Beckouche/ Christophe Blanchet/ Frederic Brau
(on open stack on NNCR, IFB cluster)
https://bioimage.france-bioinformatique.fr/omero-mica/webclient/
From Nantes on an open stack on NNCR vuia BIRD, IFB cluster
https://omero.os-bird.univ-nantes.fr/webclient/login/?url=%2Fwebclient%2F
In Montpellier: on local server , to be moved on NNCR https://omero.mri.cnrs.fr/webclient/login/?url=%2Fwebclient%2F
BioImageIT
linking Database and processing: https://github.com/bioimageit
Il y a un dépôt pour chaque partie du projet. Le dépôt principale est « bioimageit_core ». Il contient la libraire python de BioImageIT pour gérer les métadonnées et lancer des docker de traitement.
Un dépôt qui peut être utile à compéter de manière communautaire est bioimageit-tools qui rassemble des wrappers (compatibles Galaxy Project et reprend le format galaxy-tools) pour décrire les entrées/sorties des outils d'analyse avec le lien du conteneur docker associé. Pour l'instant, il n'y a que les outils Serpico.
OpenImadis:
cid.curie.fr (deployment in Curie)
Wiki project https://github.com/strandls/openimadis/wiki
site web project https://strandls.github.io/openimadis/
Source code project et docker https://github.com/strandls/openimadis
Sys'NCOM:
Cochin image Data base:
Documentation: https://www.institutcochin.fr/les-plateformes/microscopie-photonique/plate-forme-dimagerie-cellulaire-station-danalyse-1/cochin-image-database-1
Lien d'accès : https://imagerie.cochin.inserm.fr/sis4web/login.php