PyMOL Style 1.0

PyMOL Style 是面向 PyMOL 3.x 的中文分子绘图插件，提供16种蛋白风格、 6种小分子风格及96种蛋白–小分子动态组合。插件能够自动识别纯蛋白、 蛋白–小分子复合物和纯小分子，并只启用适用的设置区域。

功能特点

• 16种蛋白风格与6种小分子风格独立组合。
• 自动识别纯蛋白、复合物和纯小分子。
• 内置三类离线演示，无需联网下载。
• 支持保留已有科学配色、标准元素色和风格配色。
• 支持自动或手动配体 Selection，多配体和金属单独处理。
• 支持场景恢复、Ray预览、自定义宽高、DPI和透明PNG。
• GUI和命令行共用同一套数据驱动核心。

插件只改变表示、颜色、光照、背景和相机，不修改坐标、键级、残基、链、 占有率、B-factor或原始结构文件。

下载与安装

推荐从 GitHub Releases 下载 PyMOL_Style_1.0.0.zip，也可以使用仓库中的 dist/PyMOL_Style_1.0.0.zip。

1. 启动 PyMOL。
2. 打开 Plugin → Plugin Manager → Install New Plugin。
3. 选择 PyMOL_Style_1.0.0.zip。
4. 安装完成后重启 PyMOL。
5. 选择 Plugin → PyMOL Style。

快速使用

1. 载入自己的结构，或选择一种“演示结构”并点击“载入内置演示”。
2. 在“结构 Selection”填写 all、对象名或合法的选择表达式。
3. 根据结构识别结果选择蛋白风格、小分子风格和配色。
4. “配体 Selection”通常保持 auto；多配体时可填写 resn LIG。
5. 点击“应用风格”，需要撤销时点击“恢复上一场景”。
6. 设置宽度、高度、DPI和透明背景，再进行Ray预览或导出PNG。

结构类型	GUI状态	应用结果
纯蛋白	启用蛋白控件	仅设置蛋白
蛋白–小分子	两类控件均启用	分别设置蛋白和小分子
纯小分子	启用小分子控件	仅设置小分子
空或无效 Selection	禁用应用按钮	不改变场景

复合物可以取消“显示并设置小分子”。纯小分子始终保持显示。小分子使用 独立显示副本，因此棒半径、球半径和透明度不会影响同一对象中的蛋白； 恢复或失败回滚会清理插件创建的临时对象。

内置演示

选项	文件	组成
纯蛋白	Acss3.pdb	5,250个蛋白原子
蛋白–小分子	Evodiamine_Acss3.pdb	5,250个蛋白原子＋24个UNL原子
纯小分子	Evodiamine.mol2	24个原子、28条键

演示对象使用 pss_demo_* 命名；若存在同名对象，插件自动添加后缀， 不会覆盖用户对象。演示数据来源与许可见 THIRD_PARTY_NOTICES.md。

风格列表

蛋白风格：

ID	中文名称	ID	中文名称
soft_diffuse	柔美漫射	glossy_glass	高亮琉璃
topology	拓扑结构	liquid_metal	液态金属
journal_contrast	期刊冷暖	muted_modern	雅灰暖调
vivid_contrast	鲜亮撞色	cold_warm	冷暖渐变
ocean_depth	深海渐变	serene_duotone	静谧粉蓝
residue_editorial	残基出版	pastel_illustration	粉彩插画
soft_gradient	柔光渐变	ligand_focus	配体聚焦
print_render	印刷渲染	cartoon_ball_stick	卡通球棍

小分子风格：

ID	中文名称	用途
wireframe	线框简图	检查连接与键级
fine_sticks	精细棒状	清楚展示构象
ball_stick	经典球棍	平衡原子和键
spacefill	空间填充	观察范德华体积
surface_view	表面透视	表面与内部结构叠加
glossy_highlight	晶亮高光	配体重点展示

分辨率建议

场景	分辨率	DPI
快速预览	1200 × 900	150
学术汇报	1920 × 1080	150–200
论文插图	2400 × 1800	300
海报展示	3840 × 2160	300

宽度和高度范围为100–10000 px，DPI范围为1–1200。

命令行

pss_styles
pss_styles ligand
pss_apply soft_diffuse, all
pss_apply soft_diffuse, all, style, 1, 1, 1, ball_stick, style, auto
pss_demo soft_diffuse, complex, fine_sticks
pss_demo soft_diffuse, protein
pss_demo soft_diffuse, ligand, glossy_highlight
pss_render figure.png, 2400, 1800, 300, 0
pss_render transparent.png, 2400, 1800, 300, 1
pss_restore

完整接口：

pss_apply style, selection=all, color_mode=style, include_ligands=1,
          orient=1, backup=1, ligand_style=fine_sticks,
          ligand_color_mode=style, ligand_selection=auto
pss_restore
pss_demo style=soft_diffuse, demo=complex, ligand_style=fine_sticks
pss_render filename, width=2400, height=1800, dpi=300, transparent=0
pss_styles category=all

科学性说明

• 链间颜色按排序后的链ID确定性分配。
• 装饰渐变按原子顺序生成，不代表温度、电势或实验量。
• “保留当前配色”不会覆盖已有电势、保守性或B-factor映射。
• 自动配体不包含水；金属不参与有机小分子分类。
• 原文风格名称、来源和兼容性说明见 风格代码汇总。
• 完整本机验收结果见 GUI测试记录。

许可证

插件代码、项目文档和项目原创资源采用 MIT License。 AlphaFold衍生演示坐标采用CC BY 4.0并保留来源归属，详见 THIRD_PARTY_NOTICES.md。

卸载

进入 Plugin → Plugin Manager → Installed，找到 PyMOL Style，选择卸载 并重启 PyMOL。