一套用 Claude Code（或任何 LLM Agent）+ Obsidian 建立、維護個人臨床藥學實證知識庫的工作流程與 schema。 本 repo 只提供「方法與骨架」，不含任何臨床內容——文獻摘要由你自己 ingest 產生。
把零散的臨床指引、RCT、meta-analysis 文獻，透過標準化流程交由 LLM 摘要成互相連結的 wiki 頁面，建立可即時查詢、可稽核、會自我健檢的個人知識庫。
核心特色：
- 三流程 SOP：Ingest（建頁）/ Query（查詢）/ Lint（健檢）
- EBM source 頁最低欄位要求：強制記錄 Study design、PICO、effect size + 95% CI、RoB、GRADE、Applicability、Bottom line
- 雙向連結知識圖譜：source ↔ entity ↔ concept，可用 Obsidian graph view 瀏覽
- PDF 提取策略：先用 pdf-inspector 分流（<5 秒判斷這份 PDF 該走哪條路），再依結果選 pdfminer.six（全文正文）／Docling（關鍵臨床表格，品質最佳）／MinerU（備援）； 含三種「安靜失敗」的判別法——工具不報錯但表格是錯的，那才是真正會傷到你的情況
- 機械化 lint 腳本（
tools/wiki_lint.py）：壞鏈/孤立頁/稀疏頁/frontmatter 缺欄 + EBM 欄位依型別查核 + 圖譜指標， 並以來源檔內容雜湊（非 mtime）偵測「原始文獻換版了但頁面沒更新」 - 病患資料自動遮罩＋異動日誌可稽核
以下為虛構示意範例（fictional / illustrative），檔名與頁面皆為佔位符，不含任何真實臨床內容或建議。
Before — 把一篇文獻 PDF 放進 raw/：
raw/
└── example-source.pdf
你只要說一句話：
請處理 raw/example-source.pdf
Claude Code 會依 CLAUDE.md schema，在你確認重點後協助：
- 判定來源型別（RCT / meta-analysis / guideline / …）
- 依來源型別提取 EBM 欄位
- 研究型：PICO、effect size、95% CI、RoB、GRADE、Applicability、Bottom line
- Guideline / narrative review 類：來源型別、發布機構年份、Applicability、Bottom line
- 建立 source 摘要頁
- 新建或更新相關 entity / concept 頁並建立雙向連結
- 更新
wiki/index.md（全庫目錄） - 在
wiki/log.md追加異動記錄 - （若你要求）順帶跑 lint 健檢
After — wiki/ 長出互相連結的頁面：
wiki/
├── source-example-source.md ← 文獻摘要 + EBM 欄位
├── entity-drug-x.md ← 藥物實體頁（連結節點）
├── concept-clinical-topic-y.md ← 概念/機制頁
├── index.md ← 已更新
└── log.md ← 已追加記錄
Then — 之後可隨時查詢或健檢：
請問這篇文獻對 topic Y 的臨床意義是什麼？ ← Query
請做 lint ← Lint
文獻經 ingest 後，會織成 source ↔ entity ↔ concept 互連的網絡（以下為示意，節點皆為佔位範例，不含臨床內容）：
graph LR
R[("raw/ 原始文獻 PDF")]
R -->|ingest| S1["source: 文獻 A"]
R -->|ingest| S2["source: 文獻 B"]
S1 --> C1(("concept: 機制 / 操作框架"))
S2 --> C1
S1 --> E1["entity: 藥物 X"]
C1 --> E1
S2 --> E2["entity: 疾病 Y"]
C1 -. 矛盾標記 .-> C2(("concept: 對照主題"))
Q{{"query: 提問合成頁"}} --> C1
Q --> S2
在 Obsidian 中可用 Graph View 即時瀏覽你自己的真實知識圖譜（會隨 ingest 自動長大）。
.
├── CLAUDE.md # LLM 操作規範（schema）— 開箱即用；僅 §六 領域規則可選用改寫
├── DISCLAIMER.md # 臨床免責 + 著作權聲明（務必閱讀）
├── LICENSE # 方法/模板採 MIT；你的文獻摘要內容不在授權範圍
├── raw/ # 放你的原始文獻（PDF）；.gitignore 預設不上傳
│ ├── finish/ # 已 ingest 的文獻
│ └── assets/ # 圖片
├── wiki/ # LLM 維護的知識頁面（初始為空，僅含 .gitkeep）
│ # 內容受 .gitignore 白名單保護，預設不追蹤
├── Templates/ # 各 type 頁面模板 + index.md / log.md 空骨架
├── tools/
│ └── wiki_lint.py # 機械化健檢腳本（壞鏈/孤立/EBM 欄位/圖譜指標）
├── tests/
│ └── test_wiki_lint.py # wiki_lint 回歸測試（pytest）
├── .github/workflows/
│ └── ci.yml # GitHub Actions：push/PR 跑測試 + lint 摘要
└── docs/
├── quickstart-for-clinical-pharmacists.md # 新手 Quick Start（不寫程式者從這裡開始）
├── evidence-discipline.md # 六條 ingest 證據紀律的踩坑成因（規則本身在 CLAUDE.md §3.1.1）
├── pdf-extraction-strategy.md # 分流表 + 何時用 pdf-inspector / pdfminer / Docling / MinerU、失敗模式與搶救法
└── setup-mineru.md # 上述四個工具的安裝指南
Lint 用法：在 vault 根目錄執行
uv run --with pyyaml python tools/wiki_lint.py，產生output/lint-YYYY-MM-DD.md。
🩺 不寫程式的臨床藥師請走這裡：新手 Quick Start ——只回答四件事：安裝什麼、文獻怎麼放、怎麼對 Claude Code 下指令、如何確認沒出錯也沒洩漏資料。
以下為工程使用者的濃縮版，步驟相同。
- Fork / 下載 本 repo，用 Obsidian 開啟資料夾為一個 vault。
- 初始化 wiki：把
Templates/index.md、Templates/log.md複製到wiki/（fresh clone 的wiki/只含.gitkeep；複製後即為起始骨架）。 - （選用）若你不在台灣、不需要健保給付與多語藥物標籤規則，改寫
CLAUDE.md§六領域特殊規則。 其餘部分開箱即用，不需要做任何字串取代。 - （選用）一般 ingest 不需預裝任何東西——pdfminer 與 pdf-inspector 都由
uv即時取用。 只有在文獻的表格特別關鍵（劑量表、藥敏閾值表、決策矩陣）時，才依docs/setup-mineru.md安裝 Docling。 - 把第一篇文獻 PDF 放進
raw/。 - 在 vault 目錄啟動 Claude Code，對它說：「請處理 raw/你的檔名.pdf」。
- LLM 會依 schema 建立 source 頁、相關 entity/concept 頁，並更新 index 與 log。
- 之後可隨時「請問關於 XXX…」（Query）或「請做 lint」（健檢）。
tools/wiki_lint.py 附帶 pytest 回歸測試，並由 GitHub Actions 在每次 push / PR 自動執行。一般使用者不需理會；僅在你要修改 lint 腳本時相關。
本機跑測試（在 repo 根目錄）：
uv run --with pyyaml --with pytest pytest -q涵蓋三大類：身分證檢核碼 / PII 遮罩、來源內容雜湊過期偵測、EBM 型別分流（study / guideline / 型別待確認）。
CI（GitHub Actions，.github/workflows/ci.yml）：
- 觸發：push 到
main、對main的 PR、手動（workflow_dispatch） - 內容：跑
pytest -q，再跑wiki_lint.py --json做煙霧測試 - lint 固定用
--json摘要模式：只輸出數量統計，不寫output/、不外洩任何頁面內容 → 即使在 public repo 也不會洩漏受著作權保護的摘要或病患資料 - 結果可在 repo 的 Actions 分頁查看（綠勾＝健檢通過）
修改
wiki_lint.py後，若改動了--json摘要的欄位名稱（如stale、hash_untracked），對應測試會變紅——這是刻意的 contract test，請同步更新測試斷言。
- 臨床藥師、藥學生、EBM 工作者
- 任何想用 LLM 把文獻轉成結構化、可查詢知識庫的醫療專業人員
預設規則含健保給付、多語藥物標籤、台灣臨床情境，可依你的國家/制度自行調整
CLAUDE.md§六。
- 不可公開散布你 ingest 後的 wiki 內容：多數來源（指引、UpToDate、Micromedex、NCCN…）受著作權保護，個人合理使用 ≠ 可再散布。詳見
DISCLAIMER.md。 - LLM 摘要可能含錯誤：臨床決策前務必回核原始來源。
- 本 repo 之 MIT 授權僅涵蓋 schema / 流程 / 模板，不涵蓋你產生的內容。
歡迎以 issue / PR 改進 schema、流程或 PDF 工具策略。請勿在 PR 中包含任何受著作權保護的文獻內容或個人資料。