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ChemPredict v4.4.0

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ChemPredict 是面向不对称自由基氰化研究的离线证据检索、适用域判断与候选排序工具。v4.4.0 以 Yu 等人在 Organic Letters 2026 报道的 NHP 醚脱氧不对称氰化为唯一可定量体系;另外 8 个相关体系仅用于证据检索或跨体系拒绝,不进行数值合并。

本项目是可审计的研究原型,不是任意不对称反应的通用预测器。预测不能替代前瞻实验、风险评估或实测表征。

在线使用

网站只在浏览器本地运行,不调用远程推理 API,也不上传结构或实验计划。

当前能力

层级 数据基础 输出 限制
NHP 醚脱氧不对称氰化 26 条同协议训练记录 产率、ee、经验区间、适用域等级 仅固定协议和仲苄基 NHP 醚
条件证据 33 条单因素/对照记录 溶剂、光催化剂、铜源、配体和温度的文献观测 不对任意多因素组合做加和外推
相关反应体系 8 个体系注册项 证据摘要或拒绝理由 不输出跨体系数值预测
虚拟候选库 预计算结构特征 候选排序与实验计划导出 只用于优先级,不等同于反应成功概率

生产模型与验证

v4.4.0 使用预声明的冠军-挑战者规则。qmdesc、DBSTEP、结构分化特征和 XGBoost 挑战者均完成训练与序列化,但没有同时满足“嵌套整组留出 MAE 至少改善 0.30,且 RMSE、最大绝对误差不变差”,因此生产模型继续使用 v4.3 冠军。

目标 生产模型 嵌套 MAE RMSE 最大绝对误差 R2 Spearman
产率 Ridge 8.029 10.948 30.275 -0.343 0.015
ee RBF kernel ridge,先变换为 ΔΔG‡ 6.180 10.993 45.207 0.065 0.620

产率的 R2 为负且排序相关性接近零,因此只能作为低风险候选的弱排序信号。ee 在多数化学家族中更有排序信息,但仍存在 45.207 点的单样本最大误差。完整定义、异常点和区间策略见 模型卡。

适用域

只有同时满足以下条件时才允许定量输出:

  1. 前体为目标协议中的仲苄基 NHP 醚。
  2. 自由基为碳-芳基仲苄基自由基。
  3. 反应家族为目标脱氧不对称氰化。
  4. 条件改变不超过一个因素。
  5. 描述符距离和预声明高风险规则允许输出。

强对位吸电子底物和环状苄基单例会进入 D 级警告或拒绝;其他前体、自由基类别和反应网络拒绝数值外推。

快速复现

最小测试环境只需要 Python 3.12、Node.js 22.13+:

python -m venv .venv
# Windows: .venv\Scripts\activate
# Linux/macOS: source .venv/bin/activate
python -m pip install -r requirements-ci.txt
corepack enable
pnpm install --frozen-lockfile
python -m unittest discover -s "04_模型源码/tests" -p "test_*.py" -v

浏览器验收:

pnpm exec playwright install chromium
python -m http.server 8788 --directory "05_网站"
# 另开终端
pnpm test:ui

完整描述符生成和挑战者训练依赖 RDKit、qmdesc、DBSTEP、XGBoost 与 PyTorch,步骤见 工具搭建流程。

数据与文献

  • 数值标签来自 DOI 10.1021/acs.orglett.5c05116 的主文与 Supporting Information 转录。
  • 其他论文只用于方法设计、机理边界或外部拒绝案例,不与目标体系数值合并。
  • 仓库不重新分发论文 PDF;DOI、数据用途和访问日期记录在 03_数据/整理数据/literature_registry.csv。
  • 数据字段、来源、权利边界和完整性检查见 数据卡。

仓库结构

路径 内容
03_数据/整理数据 文献转录、描述符、反应体系注册表、双语词典和前瞻盲测模板
04_模型源码 数据管线、训练、推理、适用域、测试和发布工具
05_网站 中英文离线工作台和序列化生产模型
07_验证结果 v4.4 指标、留出预测、晋级决策、门控与界面验证证据
08_说明文档 模型卡、构建流程、语义审计和版本对比

持续改进与参与

后续版本将继续优化模型结构、特征参数、适用域与不确定性校准,并优先引入预注册的独立前瞻数据。欢迎化学、化学信息学和机器学习研究者通过 GitHub Discussions 讨论方法,通过 Issues 提交复现实验、外部验证、数据纠错或功能建议。贡献标准见 CONTRIBUTING.md,阶段目标见 ROADMAP.md。

引用与许可

引用信息见 CITATION.cff。代码与原创文档按 Apache License 2.0 发布;文献、第三方数据和软件仍受各自权利与许可约束,详见 第三方说明。

氰化物与 TMSCN 相关实验必须遵循所在机构的 SOP、风险评估、通风监测和废物处置要求。本仓库不提供具体投料、放大或安全替代建议。

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