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DATA_CARD.md

File metadata and controls

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ChemPredict v4.4.0 数据卡

1. 数据用途

公开数据用于复现目标反应的标签转录、结构/条件描述符、冠军-挑战者验证、适用域门控和前瞻盲测记录。只有目标 NHP 醚脱氧不对称氰化体系进入数值训练;相关反应文献不得与其直接合并。

2. 数据清单

文件 行数 角色 是否进入生产数值模型
substrate_scope.csv 30 2a-2z 训练范围与 3a-3d 挑战范围 2a-2z 共 26 行
condition_screen.csv 33 单因素、对照与重复条件证据 否;仅作证据检索
mechanism_proxy_descriptors.csv 30 明确标注的二维经验代理 部分生产特征
rdkit_descriptors.csv 30 结构核验与挑战者特征 仅挑战者/质量控制
qmdesc_descriptors.csv 30 ML 预测 B3LYP/def2-SVP 目标 仅挑战者
steric_descriptors.csv 30 产品骨架构象的 DBSTEP 代理 仅挑战者
external_gate_cases.csv 12 跨前体、自由基和反应体系门控测试 否
reaction_system_registry.* 9 个体系 定量、证据型和拒绝型注册 仅 1 个体系可定量
prospective_blind_test_template.csv 模板 独立实验冻结与回填 待新增前瞻数据

机器可读的实际行数、字段和状态由 04_模型源码/data_pipeline/validate_data.py 校验,不应仅依赖本表。

3. 来源与转录

  • 目标标签来源:DOI 10.1021/acs.orglett.5c05116 的主文和 Supporting Information。
  • Hammett 常数来源:DOI 10.1021/cr00002a004。
  • PubChem 属性通过 PUG REST 记录,用于分子式与标识符交叉检查。
  • RDKit、qmdesc 和 DBSTEP 的版本与语义见 08_说明文档/THIRD_PARTY_NOTICES.md。
  • 每条参考文献的 DOI、用途、数值训练资格和访问日期见 literature_registry.csv;公开仓库不包含论文 PDF。

4. 标签与删失

产率与 ee 保持论文转录值,不为改善指标人工修改。条件筛选中的 trace 是删失观测,不等于精确的零;删失敏感性结果保存在 07_验证结果/conditions/v4.4.0。

5. 质量控制

  • 30 个底物标识符唯一,标签限定在 0-100。
  • 26 个训练样本按 10 个化学家族整组留出,避免同家族随机泄漏。
  • RDKit 与 PubChem 对可注册化合物执行分子式交叉检查。
  • qmdesc 与 DBSTEP 字段均记录真实计算语义,不将 ML 量子描述符称为现场 DFT,也不将产品骨架构象参数称为配体-过渡态参数。
  • 挑战者只有通过预声明非退化标准才可晋级生产。

6. 已知偏差

数据来自单篇目标论文、单一协议和小样本化学空间。文献中的成功底物范围可能带有发表与选择偏差,低收率或失败组合覆盖不足。现有区间复用了同一论文的整组留出残差,不具备独立前瞻覆盖保证。

7. 权利边界

仓库许可证覆盖本项目原创代码、整理结构和原创注释,不改变论文、Supporting Information、数据库或第三方软件的原始权利。使用者应引用原始 DOI,并自行核对出版商和数据库的当前条款。

8. 外部数据贡献

建议使用 prospective_blind_test_template.csv 在实验前冻结协议、结构、预期适用域和预测版本,实验后再回填产率、ee、分析方法和失败原因。可识别个人、未公开专利或受限合作数据不得直接提交到公开 Issue。